Phòng Pháp chế là đơn vị có chức năng tham mưu và giúp Ban Giám hiệu Trường thực hiện công tác kiểm tra, giám sát, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng ngừa vi phạm pháp luật; thực hiện công tác pháp chế và quản trị rủi ro, bảo đảm hoạt động của các đơn vị, cá nhân trong trường tuân thủ pháp luật và các quy chế, quy định nội bộ.
Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng là đơn vị chuyên trách trong công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng giáo dục tại Trường, góp phần nâng cao hiệu quả đào tạo.
Phòng Đào tạo là đơn vị chuyên môn trực thuộc Trường Đại học Đông Đô, giữ vai trò nòng cốt trong việc tổ chức, quản lý và phát triển các hoạt động đào tạo ở bậc đại học và các hình thức đào tạo khác của nhà trường.
Phòng Công tác sinh viên và Hỗ trợ khởi nghiệp là đơn vị chịu trách nhiệm quản lý toàn diện các hoạt động liên quan đến sinh viên tại Trường Đại học Đông Đô
Phòng Kế hoạch - Tài chính là đơn vị tham mưu chiến lược trong công tác tài chính, đảm bảo quản lý hiệu quả các nguồn lực tài chính và tài sản của Nhà trường.